Организационная структура Академии определяется штатом в порядке, установленном Министерством обороны Российской Федерации.

На основании распоряжения правительства Российской Федерации от 24 декабря 2008 года № 1951-р, в состав Федерального государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Военно-медицинской академии имени С. М. Кирова» Министерства обороны Российской Федерации в качестве филиалов включены: «Военный институт физической культуры» (г. Санкт-Петербург), «Самарский военного медицинский институт» (г. Самара), «Саратовский военно-медицинский институт» (г. Саратов), «Томский военно-медицинский институт» (г. Томск), с прежней дислокацией и общей численностью личного состава более 22 тыс. чел.